磁珠不只有AMPureXP，一文总结多种高通量测序磁珠类型：DNA\RNA\mRNA磁珠

磁珠是高通量测序文库构建过程中的必备产品之一，可以纯化DNA或RNA、筛选目标大小DN**段，靶向富集目标核酸。随着测序技术的发展，也开始出现了专精于不同应用领域的磁珠，高通量测序文库构建中常用到的有DNA纯化磁珠、DNA分选磁珠、RNA纯化磁珠及mRNA富集磁珠等。

一、DNA磁珠

1. 基本原理

磁珠纯化核酸的原理一般是固相可逆固定技术（SPRI：Solid Phase Reversible Immobilization），在一定条件下核酸被选择性地结合在磁珠上，而污染物则留在溶液中，外加磁场后将吸附了目标分子的磁珠与溶液分离，然后清洗磁珠进一步去除污染物，由于磁珠与核酸分子的结合是可逆的，因此最后在一定条件下可将核酸从磁珠上洗脱下来。

磁珠纯化的具体原理为磁珠外表面修饰有硅羟基或羧基官能团，在包含有PEG、高盐离子等纯化缓冲体系中，通过形成DNA-盐离子-羧基的离子桥而吸附DNA，这种结合是可逆的，在无PEG和盐离子的TE Buffer中离子桥被解除，最终纯化DNA。基于羧基磁珠，使用不同的磁珠投入量和纯化Buffer，其吸附片段大小不同，因此进一步也开发了用于DNA分选的磁珠，其分选原理在于磁珠优先吸附大片段DNA，可采用两轮吸附的方式进行筛选，第一轮用磁珠吸附目的片段以上的大片段，保留上清；第二轮在上清中磁珠吸附目的片段，弃上清；最后将目的片段从磁珠上洗脱下来，以此精准分选目的大小的DN**段。

图1. 羧基磁珠结构图

图2. DNA纯化磁珠原理示意图

2. 操作流程

图3. DNA纯化步骤

图4 .DNA分选步骤

3. 磁珠使用小技巧

提升得率，精准分选

(1) 使用前要混匀，室温平衡30min以上使磁珠恢复至室温；

——磁珠Buffer中的PEG溶解度易受pH、温度等影响，使用前要平衡至室温使磁珠重悬均匀，同时使PEG充分溶解，以免影响吸附和分离效果。

(2) 吸附时间要足够，充分混匀，充分吸附；

(3) 纯化或分选时用80%乙醇漂洗；

——80%乙醇下核酸脱水聚集更紧密，不会溶解，用乙醇将体系中残留的酶、Buffer、杂质等清洗掉，得到更纯的文库。

(4) 分选时，确认样本体积，确保磁珠加入比例正确；

——磁珠分选的关键是准确投入相应的体积，这样比例才是精准的，因为buffer中PEG和盐离子浓度的改变都可能会影响分选的结果。

(5) 洗脱晾干时，酒精挥发完全，但要防止磁珠过度干燥开裂；

——通常2~3min即可晾干，磁珠用量大难以晾干时，建议分管操作

(6) 磁珠聚团或板结，可充分混匀后，延长洗脱时间；

——DNA中可能存在杂质，或晾干时间太久造成，一般DNA中杂质较多时建议先纯化，然后在进行分选，分选效果更好。

4. 明星产品介绍：是纯化磁珠也是分选磁珠

Hieff NGS® DNA Selection Beads 是基于SPRI (Solid Phase Reverse Immobilization)原理，采用进口的磁珠原材料及精心优化的缓冲体系，可用于二代测序文库构建过程中的DN**段分选和纯化。本产品适用于各品牌建库试剂盒，和目前广泛使用的AMPure XP磁珠使用方式相同，片段回收效率和文库大小分布与其高度吻合。

4.1 纯化性能介绍

● 独特的缓冲体系：可回收长度低至50bp的DN**段

● 回收率高：高达90%以上

● 纯化力好：DNA产物A260/280=1.8-2.0，有效去除引物二聚体、dNTP、无机盐及蛋白质等杂质

● 应用范围广：适用于酶切、连接、克隆、NGS建库等场景的DNA纯化

表1. 不同比例磁珠DNA纯化回收效率

图5. 磁珠纯化效果琼脂糖凝胶电泳结果

图注：编号为①、②、③为本批次磁珠分装的前、中、后期抽样；编号为④是对照AMPure XP 磁珠，M为1kb DNA ladder。

4.2 分选性能介绍

● 操作简便：分选原理、实验操作和XP磁珠完全一致

● 分选精准：分选片段大小精准、稳定

● 通用性广：可用于DNA、RNA建库，适应各种样本类型的片段分选

● 超高性价比：品质稳定，更经济的价格，更短的货期，更贴心的售前售后服务

图6. 分选结果展示

二、RNA纯化磁珠

Hieff NGS® RNA Cleaner基于SPRI原理制备，可以高效去除蛋白、盐离子和其它杂质，获得高纯度浓缩的RNA样本，精心优化的Buffer体系，可有效防止RNA降解。适用于RNA文库构建、去除rRNA后的总RNA样本纯化、体外转录的RNA产物纯化、RNA标记产物纯化、合成的RNA纯化等。

高品质：进口原材料，品质高度稳定

优化的Buffer体系：保证RNA的纯度与完整度，有效防止RNA降解

高效率：高效回收，适用RNA文库构建或体外转录产物回收等